syugotramさんのおっしゃるように、新規で生成されたSite Prefsのままサイトを定義していただいて構いません。
サイトデータさえ無事であれば、設定などは作り直せば済むことですから。
最初のヘルプ文書は、複数のサイトを管理している際にどのサイト定義が破損しているのかを特定するための手順ですので、新規で作り直す方がいいですね。
それでも現象が再現する場合は、ユーザ設定フォルダの再作成もお試しください。
ユーザー設定フォルダーを再作成する方法（Dreamweaver CS4/CS5/CS5.5/CS6）
よろしくお願いします。